V útlém věku Jindřich Kotrla působil v Litvínově, kde prošel všemi mládežnickými oddíly a stal se dalším výtečným produktem vyhlášené litvínovské líhně. Do extraligy nakoukl poprvé ve dvaceti letech. Výrazněji se prosadil hned následující rok. Patřil k základním kamenům litvínovské sestavy a byl u toho, když Chemici sahali po největším úspěchu své novodobé historie. Kotrla Litvínov poprvé opustil na podzim roku 1997, kdy šel na hostování do Karlových Varů. Podruhé odešel vyhlášený bojovník v létě roku 2004. To po něm mocně zatoužila pražská Sparta, kterou vedl kouč Slavomír Lener. Poté se vrátil do Litvínova a Kotrlův příchod mužstvo výrazně oživil. V osmi zápasech nasbírala nová posila mužstva devět kanadských bodů a výrazně pomohla týmu k postupu do play-off. Sportovní manažer Chemopetrolu Robert Reichel o něj moc stál i nadále, ale jeho nabídku přebil v létě roku 2005 nováček z Českých Budějovic. Kotrla hrál výtečně hlavně v play-off. Spolu s Tomášem Vakem vytvořil nepřekonatelnou dvojici do oslabení a pomohl Českým Budějovicím vyřadit v prvním kole Liberec. Rok následující, kdy odehrál prakticky kompletní porci zápasů a coby bránící útočník nasázel svým soupeřům deset branek. Pozornost na sebe strhl hlavně ve čtvrtfinálové bitvě se Slavií Praha, proti které nasbíral během šesti zápasů hned pět kanadských bodů. Jindra odehrál 651 utkání v nevyšší české extralize! Za reprezentaci České republiky nastoupil k osmnácti utkáním, zahrál si i na světovém šampionátu, který se konal v Helsinkách v roce 2003.